Исследователи Apple представили ИИ-модель SimpleDesign, предназначенную для одновременной генерации последовательностей аминокислот и пространственных структур белков. Разработка базируется на принципах проекта SimpleFold, использующего метод сопоставления потоков для прогнозирования структуры белка.
В отличие от систем, преобразующих структуры в токены, SimpleDesign работает напрямую с парами «последовательность — трехмерные координаты». Такой подход позволил исключить этап разложения белковых структур на промежуточные представления, упростив архитектуру модели.
Обучение проводилось на массиве из более чем 2 миллиардов пар данных, полученных из набора AFESM. В процессе тренировки исследователи вносили искажения в последовательности и структуры, обучая нейросеть решать задачи восстановления и параллельного проектирования белков одновременно.
Тестирование показало конкурентоспособность SimpleDesign в задачах проектирования и восстановления структур. На текущем этапе результаты ограничены компьютерным анализом, а сгенерированные белки еще не проходили экспериментальную проверку на способность к сворачиванию и функционированию.
